Trước tiên, tàu ngầm Kilo của Việt Nam sẽ được lắp đặt tên lửa hành trình tấn công đối đất 3M-14E loại mới nhất, có tầm bắn 290 km. Loại tên lửa này không được Bộ Quốc phòng Nga phê chuẩn xuất khẩu cho Trung Quốc. Ngoài Việt Nam, hai nước khác được Nga xuất khẩu tên lửa 3M-14E là Ấn Độ và Angiêria.

Bên cạnh đó, tàu ngầm Kilo 636 MV còn được trang bị ra đa dẫn đường phức hợp đa tác dụng GE2-01 loại mới nhất. Loại ra đa này không được xuất khẩu cho Trung Quốc, có ưu điểm lớn nhất là giảm tối đa tạp âm trong môi trường nước và giúp đa dạng hóa biện pháp dẫn đường.

Về hệ thống sonar, tàu ngầm Kilo 636 MK của Trung Quốc chỉ được trang bị hệ thống sonar MGK 400E loại cơ bản. Trong khi đó, tàu ngầm Kilo 636 MV lại được lắp đặt hệ thống sonar MGK 400E loại cải tiến. Hai hệ thống sonar này có cùng cự ly thám trắc, nhưng hệ thống sonar MGK 400E loại cải tiến được trang bị bộ xử lý tín hiệu tốc độ cao nhiều công năng và có mức độ số hóa cao hơn.

Về kính tiềm vọng, tuy tàu ngầm Kilo 636 MK và tàu ngầm Kilo 636 MV đều được trang bị hệ thống thám trắc quang học, nhưng kính tiềm vọng sử dụng cho nhiệm vụ tấn công của tàu ngầm Kilo 636 MV được lắp đạt thêm thiết bị đo cự ly bằng tia la de và hệ thống quan trắc TV, IR. Trong khi đó, tàu ngầm Kilo 636 MK chủ yếu sử dụng quang học ngắm bắn và không có thiết bị đo cự ly bằng tia la de. Điều đó có nghĩa năng lực tác chiến ban đêm và độ chính xác của đòn đánh của tàu ngầm Kilo 636 MV sẽ cao hơn tàu ngầm Kilo 636 MK.

Điểm khác biệt cuối cùng là hệ thống điều hòa mà tàu ngầm Kilo 636 MV sử dụng thích hợp hơn với khí hậu, địa hình nhiệt đới.

Bên cạnh những điểm khác biệt, tàu ngầm Kilo mà Nga bán cho Trung Quốc và tàu ngầm Kilo mà Nga xuất khẩu cho Việt Nam có một số điểm giống nhau như cùng được trang bị tên lửa chống hạm 3M-54E, cùng sử dụng ắc quy 476 E loại cải tiến, tuổi thọ dài, đáp ứng được yêu cầu về nhiệt độ nước ở Thái Bình Dương.

Nguồn tin cho rằng thời gian sản xuất của hai loại tàu ngầm trên cách nhau hơn 5 năm, nên công nghệ trang bị cho tàu ngầm Kilo 636 MV tiên tiến hơn tàu ngầm Kilo 636 MK là điều đương nhiên. Xem xét những khác biệt nêu trên, theo tờ tạp chí, dù đều là tàu ngầm Kilo 636 M, nhưng khoảng cách về công nghệ giữa tàu ngầm Kilo 636 MV và tàu ngầm Kilo 636 MK chí ít là trên 10 năm.

Về 6 chiếc tàu ngầm Kilo mà Nga bán cho Việt Nam, từ lâu có thông tin cho rằng Việt Nam có thể sử dụng chúng để xây dựng hai hạm đội. Tuy nhiên, theo nguồn tin, 6 chiếc tàu ngầm Kilo 636 MV của Việt Nam sẽ được bố trí thống nhất, tạo thành một hạm đội và phía Nga sẽ phụ trách việc xây dựng tất cả các kho cất trữ tên lửa ở cảng biển và trạm cung cấp dưỡng khí như một phần trong nội dung hiệp định song phương đã kí kết với Việt Nam.

Liên quan đến giá mua tàu ngầm Kilo 636 MV, trước đây có thông tin cho rằng có thể hải quân Việt Nam đã phải mua tàu ngầm Kilo 636 MV với giá cao. Tuy nhiên theo nguồn tin, giá tàu ngầm Kilo 636 MV mà Nga bán cho Việt Nam hoàn toàn là giá thật và hiện nay phía Nga đã bắt tay vào chế tạo chiếc tàu ngầm Kilo 636 MV đầu tiên cho Việt Nam.

Theo Nghiên cứu biển Đông